Управление МКОУ «Наратаевская СОШ» осуществляется в соответствии законодательством Российской Федерации и уставом на принципах единоначалия и самоуправления.
МКОУ «Наратаевская СОШ» возглавляет директор (Директор: Хохлова Любовь Владимировна), прошедший соответствующую аттестацию. Директор обеспечивает выполнение возложенных на МКОУ «Наратаевская СОШ» задач, несёт персональную ответственность за деятельность учреждения. Директор назначается на должность и освобождается от должности согласно уставу МКОУ «Наратаевская СОШ».
Формами самоуправления являются:
- Совет Учреждения,
- Педагогический совет,
- Методический совет,
- Родительский комитет.